Om verontreiniging te voorkomen in een drinkwatersysteem, moeten specifieke procedures worden gevolgd. Dit is met name van belang in voorzieningen voor mensen met een verzwakt immuunsysteem, zoals ziekenhuizen, bejaardenhuizen en verzorgingsinstellingen.
Om van begin af aan de kosten voor het verwijderen van verontreinigingen tot een minimum te beperken, moet tijdens installatie- of reparatiewerkzaamheden zoveel mogelijk worden vermeden dat er onzuiverheden binnendringen. Daarom moeten alle systeemcomponenten van het drinkwatersysteem zo worden vervoerd en opgeslagen dat interne verontreiniging door aarde, modder, vuil water, ziektekiemen, kleine dieren enz. tijdens de installatie op betrouwbare wijze kan worden vermeden.
Vanaf het begin is het van essentieel belang een gebrekkige waterverversing te vermijden in ongebruikte leidingen (bv. gastentoilet, buitenkraan), anders bestaat het gevaar voor microbiologische besmetting.
Speciale gebouwen, zoals ziekenhuizen, bejaardentehuizen, kleuterscholen en scholen, hebben ook een hygiëneplan nodig. Dit hygiëneplan moet informatie en instructies bevatten in verband met de strengere eisen van de onderhoudsmaatregelen en welke maatregelen moeten worden genomen in geval van storingen en incidenten.